中國加入WTO後將大幅度削減農產品關稅，取消某些產品配額制，短期內農產品(尤其是穀物)進口將增加，從而使農產品自給率相對降低。同時，將部分配額分配給私營企業，這將削弱政府控制農產品進口的能力。中國從1990年開始取消出口補貼，並曾承諾不再採取出口補貼措施，但近年來，農產品生產成本上升，農產品低價的優勢已漸消失，隨著農產品市場的逐步開放，農民的收入將受到一定的衝擊，例如撤銷對美國牛肉、柑橘和西北部7個州的小麥進口令。以小麥為例，據中國方面估計，禁令的撤銷、關稅的降低將使美國小麥進口從1998年的200萬噸增加到500萬噸，中國麥農將損失54.6億美元。此外，美國的玉米、柑橘、肉類的大量進口，將使原本就存在的農產品難賣問題加重，中國農產品出口競爭力將面臨嚴重的挑戰。

入會後中國小規模經營農戶與發達國家大農場，在國內和國際市場上展開直接競爭。後者不僅在技術、市場經營管理和資金上具明顯優勢，並且常常得到政府的高額補貼。相較之下，中國農業生產勞動成本雖然低廉，但生產效率低，化肥、農藥和飼料等生產原料價格高，而且利用效率低。尤其是中國在農業科技開發和推廣方面的投入，遠遠落後於發達國家，中國農業由於缺乏長期競爭的潛力，因而難以掌握他國開放市場的機會。在當前中國國內市場農產品需求增長緩慢，農民向非農業領域轉業受到諸多限制的情況下，農產品進口增加，勢必使農民所得增加的目標在短期內更難實現。

雖然中國的糧食作物、棉花、大豆、植物油的品質與價格在國際市場上競爭力不強，將受到嚴重衝擊，逼使中國得加強與世界各國農業技術合作，改善產品質量，此也將推動中國農業比較優勢的發揮，促進和擴大農產品的出口，把不同地區的各種優勢發揮出來，接受國際市場的考驗。

面對加入WTO後各產業進口關稅調降及市場逐漸開放的衝擊，中國勢必加速產業結構的調整與升級。在農業方面，短期內農業生產和農民收入會受不利影響，糧油主產地受到的衝擊更大。從長期看，中國也不可能單純依靠提高現有土地的生產力來實現使9億農民致富的目標。因此，中國必須加速調整經濟結構，將農業由糧油棉等傳統農作物生產引導向有比較優勢的畜產品、水產品和園藝產品轉移；在提高產品競爭力的同時力爭擴大出口，有序地推動農村勞動力向非農業領域轉移，加強農民教育，提昇農民素質，積極引入農業外資，帶來資金及管理技術和優良品種，積極改善農產品品質及生產效率的提昇。